3. Die Entstehung neuer Konstruktionen ist ungeklärt.
Die bekannten Evolutionsmechanismen Mutation (sprunghafte Änderungen des Ergbuts), Selektion (Auslese) und andere Faktoren reichen nicht aus, um die Entstehung neuer Konstruktionen (= Makroevolution Abb. 1, links) zu erklären.
Lebende Konstruktionen wie z. B. Organe oder sonstige komplizierte Strukturen (z. B. Federn) funktionieren nur, wenn viele Bauteile gleichzeitig intakt sind und darüber hinaus die zeitliche Abfolge ihres Zusammenbaus stimmt. Es ist ungeklärt, wie die bekannten kleinschrittigen Veränderungen die notwendige gleichzeitige Entstehung der erforderlichen Bauteile ermöglichen könnten.
Damit ist die zentrale Frage der Ursachenforschung für evolutionäre Veränderungen unbeantwortet. Umgekehrt können komplexe Konstruktionen als "Design-Signale" interpretiert werden, d. h. als deutliche Hinweise auf einen Urheber. Zwar sind zahlreiche Mechanismen bekannt, die zu Veränderungen der Lebewesen führen, doch ermöglichen sie nur Variationen und Spezialisierungen (= Mikroevolution; Abb. 1, rechts) bereits vorhandener Konstruktionen innerhalb von Grundtypen.
Grundtypen sind die Schöpfungseinheiten des Lebens ("geschaffene Arten"). Beispiele sind die Familie der Hundeartigen (vgl. Abb. 1, rechts) oder die Familie der Pferdeartigen mit Pferden, Eseln und Zebras. Abb. 2 zeigt als weiteres Beispiel die Entenartigen. Die Variationsfähigkeit der Lebewesen macht man sich in der Züchtungsforschung zunutze. Zwischen Mikroevolution und Makroevolution bestehen grundlegende qualitative Unterschiede.
Wichtig ist in diesem Zusammenhang: Die üblichen Lehrbuchbeispiele für das beobachtbare Wirken von Evolutionsprozessen (durch Mutation, Selektion usw.) sind ausschließlich Beispiele für Mikroevolution (z. B. Darwinfinken, dunkle Poren des Birkenspanners, Giftresistenzen, Züchtung usw.).
Abb. 2: Die Entenartigen als Beispiel für einen Grundtyp. Zu einem Grundtyp gehören alle Arten, die direkt oder indirekt (über eine dritte Art) kreuzbar sind (also Mischlinge bilden können).